Завданням профілактики правопорушень є:
попередження та усунення причин і умов, що сприяють правопорушенням з боку працівників митної служби, а також протиправним діям стосовно них або об'єктів митної інфраструктури;
запобігання вчиненню працівниками митної служби під час виконання ними своїх службових обов'язків правопорушень чи дій, що можуть призвести до скоєння злочинів;
запобігання передумовам витоку з митних органів, спеціалізованих митних установ і організацій інформації з обмеженим доступом або відомостей, що становлять державну таємницю;
проведення контрольних заходів з метою створення безпечних умов функціонування об'єктів митної інфраструктури.