Планові контрольні заходи проводяться на підставі піврічних планів контрольних заходів Міністерства. План контрольних заходів затверджується Міністерством за погодженням із Головним контрольно-ревізійним управлінням України (далі - ГоловКРУ).
Позапланові контрольні заходи проводяться за рішенням керівництва або колегії Міністерства. Рішення щодо проведення позапланового контрольного заходу доводять до відома ГоловКРУ за 10 днів до початку такого заходу.