При проведенні контрольних заходів стосовно одержувачів та розпорядників коштів державного бюджету нижчого рівня, які виконують бюджетні програми у системі Міністерства як головного розпорядника бюджетних коштів, основними завданнями є:
перевірка дотримання вимог чинного законодавства щодо розробки, аналізу, впровадження бюджетних програм та визначення ресурсів, необхідних для їх реалізації, і відповідно - досягнення поставленої мети та оцінка очікуваних результатів;
перевірка законності використання коштів Державного бюджету України, виділених на виконання бюджетних програм, відповідності здійснюваних фінансових операцій бюджетному законодавству та правильності їх відображення у бухгалтерському обліку;
аналіз ефективності використання бюджетних коштів, виділених на виконання програм, співвідношення досягнутих результатів і витрат та їх відповідності визначеній меті;
оцінка виконання структурними підрозділами Міністерства функцій, пов'язаних з супроводженням бюджетних програм.