Функції Реєстру виконують такі структурні підрозділи Національного банку України:
- Центральна розрахункова палата, яка є адміністратором Реєстру, забезпечує експлуатацію програмно-технічних засобів функціонування Реєстру та їх підтримування у робочому стані, формує, за запитами керівництва НБУ, аналітичні та довідкові матеріали, які характеризують динаміку оновлення даних Реєстру;
- Департамент інформатизації, який здійснює розробку програмних засобів функціонування Реєстру, програмних засобів користувачів Реєстру та забезпечення захисту даних Реєстру від несанкціонованого доступу на усіх технологічних ланках;
- Департамент бухгалтерського обліку, який здійснює методичне керівництво розвитком Реєстру, встановлює перелік балансових рахунків, на яких проводиться облік рахунків клієнтів, про відкриття (закриття) чи зміну реєстраційних даних яких банківська установа повинна повідомити НБУ.