Спеціальними підрозділами по боротьбі з корупцією і організованою злочинністю органів Служби безпеки України є Головне управління по боротьбі з корупцією і організованою злочинністю у складі Центрального управління Служби безпеки України, відділи в Головному управлінні військової контррозвідки, Головному управлінні Служби безпеки України в Криму, обласних управліннях і місті Севастополі, відповідні підрозділи в інших містах.