Для захисту інформації, крім інформації, що містить державну таємницю, у системах автоматизації використовуються засоби захисту інформації Національного банку. До засобів захисту інформації належать також засоби електронного цифрового підпису, що використовуються для ідентифікації підписувачів та підтвердження цілісності даних в електронній формі.
Захист інформації, що містить державну таємницю, здійснюється в установленому порядку відповідно до законодавства України.