Для захисту інформації, крім інформації, що містить державну таємницю, у системах автоматизації, до яких підключено уповноважений банк, використовуються засоби захисту інформації Національного банку. До засобів захисту інформації належать також засоби електронного підпису, що використовуються для підписання документів та ідентифікації підписувачів та підтвердження цілісності даних в електронній формі.
Захист інформації, що містить державну таємницю, здійснюється уповноваженим банком у встановленому порядку відповідно до законодавства України.