За погодженням з місцевими державними адміністраціями та органами місцевого самоврядування бере участь у розробці регіональних комплексних програм з охорони довкілля в частині охорони та відтворення водних біоресурсів та контролює їх виконання.
Положення про органи рибоохорони Державного агентства рибного господарства України
За погодженням з місцевими державними адміністраціями та органами місцевого самоврядування бере участь у розробці регіональних комплексних програм з охорони довкілля в частині охорони та відтворення водних біоресурсів та контролює їх виконання.