Управління у своїй діяльності керується Конституцією України та законами України, актами та дорученнями Президента України, актами Кабінету Міністрів України, дорученнями Прем'єр-міністра України, наказами Міністерства аграрної політики та продовольства України, дорученнями Міністра аграрної політики та продовольства України, його першого заступника та заступника, наказами Держрибагентства України, дорученнями Голови Держрибагентства України, актами місцевих державних адміністрацій, органів місцевого самоврядування, а також цим Положенням.