Структуру Управління затверджує Голова Державного агентства рибного господарства України за погодженням із Міністром аграрної політики та продовольства України.
Штатний розпис та кошторис Управління затверджуються Головою Державного агентства рибного господарства України.
Чисельність працівників Управління затверджує Голова Державного агентства рибного господарства України в межах граничної чисельності працівників, визначеної Кабінетом Міністрів України для територіальних органів Держрибагентства України.