Управління очолює його начальник, який призначається на посаду за погодженням з Міністром аграрної політики та продовольства України та головою місцевої державної адміністрації та звільняється з посади Головою Державного агентства рибного господарства України за погодженням з Міністром аграрної політики та продовольства України.
Начальник Управління може мати двох заступників, у тому числі одного першого, які призначаються на посади та звільняються з посад Головою Державного агентства рибного господарства України за погодженням з Міністром аграрної політики та продовольства України.