Управління у межах своїх повноважень видає акти організаційно-розпорядчого характеру.
Акти Управління, що не відповідають вимогам законодавства України, можуть бути скасовані Головою Державного агентства рибного господарства України повністю чи в окремій частині, в тому числі за дорученням Міністра аграрної політики та продовольства України, а також Міністром аграрної політики та продовольства України у разі відмови Голови Державного агентства рибного господарства України скасувати такий акт.