Після закінчення терміну виконання програми, а також у процесі її виконання Управління експертизи може за дорученням міністерств, інших органів виконавчої влади організовувати перевірку виконання програм. З цією метою розробляється план заходів, визначаються критерії оцінки та проводиться підбір експертів. Ця робота може проводитись науково-технічними або експертними радами за погодженням з Управлінням експертизи. Не дозволяється залучати до проведення експертизи проектів експертів, що брали участь у первинній експертизі.