Пропозиції про внесення проектів до програм та висновки експертизи стосовно проектів оформляються протоколом та передаються до Управління експертизи. Окремим розділом протоколу з обгрунтуванням висновків оформляється перелік проектів, відхилених на етапі попередньої та первинної експертизи.
Управління експертизи Міннауки України або іншого міністерства, органів виконавчої влади готує узагальнені висновки стосовно проведеної експертизи проектів та подає рекомендації замовнику програми щодо формування відповідної програми. Дані рекомендації затверджуються міністром або його заступником та передаються замовнику програми.