Висновок експертизи складається із вступної, констатувальної та заключної частин.
Підготовлений висновок експертизи має зводитися до трьох можливих варіантів:
1) проект позитивно оцінюється (погоджується). У довільній формі подається висновок про відповідність поданих пропозицій вимогам чинного законодавства, діючих нормативних документів та актуальності порушених питань. При потребі висновок може обумовлюватися певними умовами щодо додаткового опрацювання деяких питань, унесення коректив та ін., виконання яких не потребує суттєвих доробок, витрат коштів, часу і може бути перевірене експертними підрозділами в робочому порядку;
2) проект не в повній мірі відповідає вимогам чинного законодавства, чинних нормативних документів або тенденціям науково-технічного розвитку. Може повертатися (направлятися) на доопрацювання. При цьому повинні точно формулюватися позиції, щодо яких потрібні доопрацювання, суттєве корегування, здійснення додаткового проектного опрацювання, що, по змозі, має обгрунтовуватися посиланням на відповідні статті законодавчих актів, пункти і положення нормативних документів, відповідати тенденціям науково-технічного розвитку. Строк доопрацювання встановлюється за домовленістю сторін;
3) проект, реалізація якого суперечитиме вимогам чинного законодавства або тенденціям науково-технічного розвитку і є неприйнятною взагалі (за даних умов чи в даний час), оцінюється негативно і відхиляється. Принципово негативна оцінка повинна бути максимально обгрунтованою (в тому числі положеннями відповідних законодавчих і нормативних документів).
Чітка і ясна оцінка проекту у висновках експертизи (за одним із вказаних варіантів) є обов'язковою. Висновок, що не має такої оцінки, не може бути підписаний чи затверджений уповноваженими посадовими особами.