Для забезпечення функціонування підреєстру як єдиної інформаційної системи Науково-дослідний інститут проблем військової медицини Збройних Сил України, якому передаються дані регіонального та територіального рівнів:
здійснює супровід виконання робіт з реалізації програм щодо створення та підтримки підреєстру та контроль за ними;
координує роботи, пов'язані з проектуванням, розробленням, впровадженням і функціонуванням автоматизованої інформаційної системи підреєстру, а також відповідає за його оперативне ведення, аналіз, узагальнення і передання інформації;
забезпечує науково-методичний супровід функціонування автоматизованої інформаційної системи підреєстру;
підтримує в належному стані інформаційні ресурси на всіх рівнях управління;
забезпечує стандартизацію інформації, режимів та порядку експлуатації банків даних;
здійснює нагляд за зберіганням інформації та сертифікацію програмних засобів, які забезпечують функціонування підреєстру;
розробляє та впроваджує стандарти на організацію банків даних, що повинні формуватись у ході виконання медичних досліджень;
готує персонал з метою забезпечення експлуатації програмно-технічних комплексів різних рівнів підреєстру;
організовує процес програмно-технічного забезпечення підреєстру як розподіленого банку даних різних рівнів, що базується на використанні уніфікованих комп'ютерних програмно-технічних комплексів формування, аналіз та передання медичних даних про стан здоров'я військовослужбовців, які інтегруються за допомогою комп'ютерних мереж і засобів телекомунікаційного зв'язку.