Згідно з чинною у Збройних Силах України системою медичного нагляду організаційна структура підреєстру має такі рівні управління:
державний - Науково-дослідний інститут проблем військової медицини Збройних Сил України;
регіональний (обласний) - медична служба видів Збройних Сил України та оперативних командувань: 55-й військово-морський госпіталь (м.Севастополь), Центральний військовий авіаційний госпіталь (м.Вінниця), 10-й військовий госпіталь (м.Хмельницький), 407-й окружний військовий госпіталь (м.Чернігів), 1120-й окружний військовий госпіталь (м.Львів), 411-й окружний військовий госпіталь (м.Одеса), а також Головний військово-клінічний госпіталь Міністерства оборони України;
територіальний (районний) - медичні служби військових частин, з'єднань, об'єднань та такі військові госпіталі: 11-й (м.Ірпінь), 14-й військово-морський інфекційний (м.Севастополь), 1579-й військово-морський госпіталь (смт.Новоозерне), 1464-й військовий госпіталь (м.Первомайськ), 387-й (м.Полтава), 612-й (м.Кременчук), 409-й (м.Житомир), 1461-й (м.Макарів), 412-й (м.Новоград-Волинський), 762-й (м.Біла Церква), 9-й (смт.Десна), 1129-й (м.Рівне), 498-й (м.Луцьк), 459-й (м.Ковель), 1445-й (м.Старокостянтинів), 231-й (м.Славута), 376-й (м.Чернівці), 113-й (м.Дилятин), 1121-й (м.Івано-Франківськ), 1397-й (м.Мукачеве), 1422-й (м.Самбір), 384-й (м.Харків), 385-й (м.Дніпропетровськ), 450-й (м.Запоріжжя), 386-й (м.Сімферополь), 1467-й (м.Миколаїв), 1436-й (смт.Балта), 1059-й (м.Кіровоград), 8-й аеромобільний (м.Болград), 985-й (м.Білгород-Дністровський).