Головними завданнями підреєстру є здійснення контролю за станом здоров'я військовослужбовців, оцінка стохастичних і нестохастичних ефектів дії малих доз іонізуючого випромінювання на військовослужбовців. Реалізація цих завдань забезпечується шляхом:
створення автоматизованої інформаційної системи персонального обліку військовослужбовців;
нагляду за станом здоров'я військовослужбовців, унесених до підреєстру, автоматизованого збирання та постійного збереження інформації про стан їх здоров'я, зібраної під час проведення цільових диспансеризацій;
урахування індивідуальної та загальної дози внутрішнього та зовнішнього опромінення для надання повної та достовірної інформації щодо постраждалих осіб;
здійснення постійного контролю, оцінки та прогнозування стану здоров'я військовослужбовців та медико-демографічної ситуації на основі інформації, зібраної в підреєстрі, виявлення достовірних причиново-наслідкових зв'язків між показниками здоров'я та факторами ризику радіаційного і нерадіаційного походження;
проведення спеціальних наукових досліджень епідеміологічного, медико-біологічного та медико-соціального характеру.
Дані, зібрані в підреєстрі, повинні сприяти розробленню та впровадженню профілактичних заходів, спрямованих на зниження негативних наслідків Чорнобильської катастрофи.