Контроль за організацією навчально-виробничого процесу здійснюється Інститутом державного управління у сфері цивільного захисту, територіальними органами управління під час перевірок (інспектування) навчально-методичної діяльності центрів та проведення рейтингового контролю їх освітньої діяльності.
Основними принципами контролю є об'єктивність, незалежність, компетентність.