Основні наукові фонди включають наукові колекції - систематизовані зібрання колекційних зразків природних об'єктів (чучел, тушок, шкурок, скелетів і їх частин, пташиних яєць і гнізд, мушель молюсків, безхребетних тварин, сухих або у фіксувальній рідині, вологих або сухих препаратів тварин і рослин, зразків грунтів, мінералів і гірських порід, палеонтологічних об'єктів тощо). Основні експозиційні фонди включають діючі музейні експозиції, пересувні фотовиставки, відеофільми про ПЗУ.