Основним звітним документом наукового відділу є щорічний том "Літопису природи". Крім того, в організації звітності ПЗУ є заключні звіти за темами, щорічна інформація про підсумки науково-дослідної діяльності ПЗУ, а також щорічні індивідуальні та щоквартальні звіти наукових співробітників і науково-технічного персоналу про виконання робочого плану, які надаються заступнику директора з наукової роботи.