Начальник варти з охорони спеціального вантажу зобов’язаний:
знати завдання підпорядкованої йому варти, інструкцію начальника варти, обов’язки військовослужбовців, які входять до її складу;
приймати під охорону та здавати з-під охорони спеціальний вантаж;
забезпечити здійснення особовим складом підпорядкованої йому варти поверхневої перевірки транспортного засобу зі спеціальним вантажем або окремо виділеного місця в ньому (купе, каюта, відсік тощо), де знаходиться спеціальний вантаж;
інструктувати особовий склад підпорядкованої йому варти щодо порядку та особливостей охорони спеціального вантажу, а також дотримання заходів особистої безпеки під час його перевезення;
допускати працівників залізниці, водіїв автомобільного транспорту для проведення технічного огляду транспорту зі спеціальним вантажем особисто або у присутності свого помічника;
перевірити, щоб усі вагони зі спеціальним вантажем було включено до складу поїзда згідно зі схемою їх розміщення під час переформування залізничного транспорту зі спеціальним вантажем;
доповісти комендантові (особисто або засобами зв’язку) про прибуття транспортного засобу зі спеціальним вантажем у пункт приймання або здавання спеціального вантажу на залізничних станціях, де є комендатури Національної гвардії України;
забезпечувати підтримання чистоти та пожежної безпеки в місці розташування варти з охорони спеціального вантажу у транспортному засобі.