Склад варти з охорони спеціального вантажу визначається залежно від виду транспорту, характеру вантажу, тривалості виконання завдання, інших умов, необхідних для забезпечення виконання завдань з охорони спеціального вантажу.
До її складу входять: начальник варти, помічник начальника варти та чатові.
Варта з охорони спеціального вантажу несе службу без зміни від пункту приймання спеціального вантажу до пункту його здавання.
Під час несення служби варта з охорони спеціального вантажу підпорядковується командирові військової частини, начальникові штабу військової частини, від якої вона споряджена, а під час перебування на залізничній станції, де функціонує (створена) комендатура Національної гвардії України,- коменданту комендатури та його заступнику під час несення ними служби.
Комендатуру на залізничній станції очолює її комендант, який є представником Національної гвардії України на залізничній станції з питань забезпечення організації охорони спеціальних вантажів вартами.
До складу комендатури також входять заступник коменданта, черговий помічник коменданта на залізничній станції, водій із транспортним засобом.