Управління очолює керівник, який призначається на посаду і звільняється з посади Головою Держлісагентства України за погодженням з Міністром аграрної політики та продовольства України та головою місцевої держадміністрації в установленому порядку.
Керівник Управління може мати заступників, які призначаються на посади та звільняються з посад Головою Держлісагентства України за поданням начальника Управління та за погодженням з Міністром аграрної політики та продовольства України.