Управління очолює начальник, який призначається на посаду і звільняється з посади Головою Держлісагентства відповідно до законодавства про державну службу за погодженням з Міністром захисту довкілля та природних ресурсів України та головою місцевої держадміністрації.
Начальник Управління може мати заступників, у тому числі одного першого, які призначаються на посаду і звільняються з посади Головою Держлісагентства відповідно до законодавства про державну службу за погодженням з Міністром захисту довкілля та природних ресурсів України.