Керівник Центру:
здійснює керівництво діяльністю Центру та організовує контроль за виконанням функціональних обов’язків його співробітниками;
є відповідальною особою за організацію роботи Центру, чітке, своєчасне і якісне виконання покладених на нього завдань і здійснення ним своїх повноважень;
доповідає (не рідше одного разу на тиждень) про результати роботи Центру першому заступнику Голови Служби - керівнику Антитерористичного центру при Службі безпеки України.