Підставами для відмови уповноваженим органом у погодженні направлення наукового спостерігача на риболовне судно є:
1) наявність задокументованої інформації про співпрацю наукового спостерігача з представниками, підприємствами, установами та організаціями держав, які Верховною Радою України визнані державою-агресором або державою-окупантом;
2) застосування до суб’єкта господарювання або пов’язаних з ним осіб спеціальних економічних та інших обмежувальних заходів (санкцій) відповідно до Закону України «Про санкції»;
3) невиконання або неналежне виконання науковим спостерігачем покладених на нього обов’язків щодо забезпечення наукового спостереження промислової діяльності риболовного судна та підготовки звітних матеріалів за його результатами за попередній промисловий сезон;
4) систематичне порушення науковим спостерігачем правил внутрішнього розпорядку, встановлених на риболовному судні, на якому він здійснював наукове спостереження за попередній промисловий сезон;
5) недотримання науковим спостерігачем вимог конфіденційності інформації щодо спеціального використання водних біоресурсів, отриманої ним на риболовному судні, за попередній промисловий сезон;
6) наявність задокументованої інформації про вимагання чи прийняття науковим спостерігачем, безпосередньо чи опосередковано, від суб’єктів господарювання або осіб, чиї інтереси можуть стосуватися виконання чи невиконання науковим спостерігачем своїх обов’язків, грошових винагород, подарунків, послуг, позик або будь-чого, що має грошову цінність;
7) систематичне порушення суб’єктами господарювання і капітанами риболовних суден своїх обов’язків відносно наукового спостерігача, викладених у розділі VI цього Положення, за попередній промисловий сезон;
8) подання в заяві суб’єкта господарювання або документах, що до неї додаються недостовірної інформації/відомостей.