За підсумками навчання у Школах під час екзаменаційної сесії проводиться конкурс-захист науково-дослідницьких робіт учнів відповідно до Правил проведення Всеукраїнського конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт учнів – членів Малої академії наук України, затверджених наказом Міністерства освіти і науки України від 24 березня 2014 року № 259, зареєстрованих в Міністерстві юстиції України 11 квітня 2014 року за № 407/25184.
Переможці у складі команди Шкіл отримують право брати участь у ІІІ етапі конкурсу.
Склад команди Шкіл затверджується наказом МОН України.