Школи організовують свою роботу з урахуванням структури наукових відділень Малої академії наук України та можуть мати такі назви: «Наукова філологічна школа учнівської молоді», «Наукова математична школа учнівської молоді», «Наукова хімічна школа учнівської молоді» тощо.