Діяльність НКРЗУ забезпечує апарат НКРЗУ. Структура і штатний розпис апарату НКРЗУ затверджуються Комітетом Верховної Ради України з питань екологічної політики, природокористування та ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи за поданням Голови НКРЗУ.
Гранична чисельність і кошторис видатків на утримання апарату НКРЗУ затверджуються в установленому законодавством порядку.