Робота НКРЗУ проводиться за річними та перспективними планами.
Щорічний звіт про роботу НКРЗУ надається до Комітету Верховної Ради України з питань екологічної політики, природокористування та ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи та обговорюється на його засіданні.