Центрдержродючість здійснює:
науково-методичне керівництво ведення моніторингу ґрунтів разом з Національним науковим центром "Інститут ґрунтознавства та агрохімії ім. О.Н.Соколовського", науковим центром "Агроекологія", Інститутом землеустрою Держкомзему України, Інститутом гідротехніки і меліорації УААН та іншими науково-дослідними установами УААН землеохоронного профілю;
організацію та контроль проведення державними проектно-технологічними центрами охорони родючості ґрунтів і якості продукції Автономної Республіки Крим і областей (регіональні центри "Облдержродючість") ґрунтово-агрохімічного обстеження ґрунтів (суцільного і вибіркового), агрохімічної паспортизації земель сільськогосподарського призначення;
створення та ведення національного інформаційного банку даних про стан ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення та єдиної інформаційно-аналітичної системи "Родючість ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення України". Система розробляється за участю науково-дослідних установ УААН землеохоронного профілю і призначена для розроблення науково обґрунтованих рекомендацій щодо прийняття рішень про відвернення та ліквідацію наслідків негативних процесів шляхом інтеграції, узагальнення та комплексного аналізу даних засобами уніфікованої технології створення і ведення розподілених баз даних, картографування еколого-агрохімічної інформації з використанням географічних інформаційних систем;
підготовку та видання щорічної (періодичної) доповіді про стан ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення.