Проведення моніторингу ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення здійснюється в такому порядку:
проведення ґрунтово-агрохімічного обстеження та агрохімічної паспортизації земельних ділянок;
проведення вибіркових еколого-меліоративних обстежень ґрунтів на зрошуваних і осушуваних землях;
проведення комплексних та спеціальних спостережень на стаціонарних контрольних ділянках за станом ґрунтів з метою вивчення процесів трансформації та міграції біогенних і хімічних речовин у ґрунтах, а також розроблення прогностичних моделей;
ведення польових дослідів, на яких забезпечуються комплексні дослідження властивостей ґрунтів, їх родючості (з урахуванням кількості та якості рослинницької продукції), ефективності застосування мінеральних добрив, хімічних меліорантів та інших агрохімікатів, а також розробляються ґрунтозахисні технології;
створення та ведення інформаційних банків даних про стан ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення та інформаційно-аналітичної системи для розроблення науково обґрунтованих рекомендацій щодо прийняття рішень про відвернення та ліквідацію наслідків негативних процесів, планування ґрунтозахисних та інших заходів у сфері охорони родючості ґрунтів;
проведення комплексного аналізу та оцінки змін якісного стану ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення;
виявлення негативних явищ і кризових територій, обґрунтування, планування заходів щодо їх усунення та підвищення родючості ґрунтів;
підготовка доповіді про стан ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення.