Секретар міжвідомчої комісії організовує підготовку та розсилає всім членам міжвідомчої комісії повідомлення про дату, час і місце проведення засідання, проект порядку денного засідання, оформлює його протокол.
Якщо відсутній секретар міжвідомчої комісії, його функції виконує член міжвідомчої комісії, обраний із числа присутніх на засіданні простою більшістю голосів.