Основними завданнями міжвідомчої комісії є:
1) розгляд заяв та інформації, визначених пунктом 10 Порядку, надісланих закладами охорони здоров’я незалежно від форми власності та фізичними особами — підприємцями, які одержали ліцензію на провадження господарської діяльності з медичної практики (далі — надавачі медичних послуг), щодо доцільності укладення договору;
2) прийняття рішення щодо укладення або відмови в укладенні договору із кожним надавачем медичних послуг з урахуванням його спроможності та наявності циклів догляду, оплата за які може бути здійснена за рахунок бюджетних коштів;
3) визначення надавачів медичних послуг, які будуть включені до клінічних маршрутів пацієнта, з метою отримання послуг з довготривалого медичного догляду (далі — послуги) відповідно до Порядку.