У своїй діяльності міжвідомча комісія керується Конституцією України, законами України, указами Президента України та постановами Верховної Ради України, прийнятими відповідно до Конституції України та законів України, актами Кабінету Міністрів України, іншими нормативно-правовими актами, у тому числі цим Положенням.