Міжрегіональний територіальний орган очолює начальник, який призначається на посаду та звільняється з посади Головою ДІМ за погодженням із Міністром розвитку громад та територій України та головою відповідної місцевої держадміністрації.
Начальник міжрегіонального територіального органу має не більше чотирьох заступників, включаючи першого заступника начальника.
Перший заступник начальника та заступники начальника міжрегіонального територіального органу призначаються на посади та звільняються з посад Головою ДІМ за погодженням із Міністром розвитку громад та територій України.