Міжрегіональний територіальний орган взаємодіє з територіальними органами міністерств та інших центральних органів виконавчої влади, органами виконавчої влади Автономної Республіки Крим, місцевими державними адміністраціями, органами місцевого самоврядування, а також підприємствами, установами, організаціями на відповідній території з питань, віднесених до його компетенції.