Основною формою державного контролю за діяльністю малої академії наук учнівської молоді є державна атестація закладу, яка проводиться не рідше ніж один раз на 10 років відповідно до Порядку державної атестації загальноосвітніх, дошкільних та позашкільних навчальних закладів, затвердженого наказом Міністерства освіти і науки України від 24.07.2001 N 553 ( z0678-01 ) і зареєстрованого в Міністерстві юстиції 08.08.2001 за N 678/5869.
Начальник відділу позашкільної освіти, виховної роботи та захисту прав дітей Р.А.Рудковська