Державний контроль за діяльністю малих академій наук учнівської молоді здійснюють Міністерство освіти і науки України, Рада міністрів Автономної Республіки Крим, обласні, Київська та Севастопольська міські, районні державні адміністрації, до сфери управління яких належать заклади, органи місцевого самоврядування та їх виконавчі органи.