Фінансово-господарська діяльність малої академії наук учнівської молоді здійснюється відповідно до законодавства і статуту закладу.
Фінансування малої академії наук учнівської молоді може здійснюватись також за рахунок додаткових джерел фінансування, не заборонених законодавством.