При малій академії наук учнівської молоді Міністерства освіти і науки України, малій академії наук учнівської молоді Автономної Республіки Крим, обласних, Київській та Севастопольській міських малих академіях наук учнівської молоді можуть створюватись президії.
До складу президії можуть бути включені керівники Міністерства освіти і науки України, учені Національної академії наук України, Академії педагогічних наук України, керівники позашкільних навчальних закладів, представники малих академій наук учнівської молоді, державні та громадські діячі.
Очолює президію президент, який обирається на засіданні президії строком на 5 років.
Повноваження членів президії здійснюються на громадських засадах.