У період між загальними зборами (конференціями) може діяти рада малої академії наук учнівської молоді, діяльність якої регулюється статутом цього закладу.
Рада закладу розглядає питання перспективного розвитку малої академії наук учнівської молоді, надає допомогу керівництву в реалізації цих планів, здійснює громадський контроль за діяльністю керівництва.