Органом громадського самоврядування малої академії наук учнівської молоді є загальні збори (конференція) колективу цього закладу, які скликаються не рідше ніж один раз на рік.
Загальні збори (конференція) колективу малої академії наук учнівської молоді проводяться за участю директора, заступників директора, керівників підрозділів, що входять до складу закладу, наукових, педагогічних та інших працівників, які залучаються до навчально-виховного процесу закладу, а також представників учнівського самоврядування, батьківського комітету.