Склад Президії малої академії наук учнівської молоді Міністерства освіти і науки України формується Національною академією наук України та Академією педагогічних наук України і затверджується Міністерством освіти і науки України строком на 5 років у кількості 15 осіб.
Склад територіальних президій узгоджується з Президією малої академії наук учнівської молоді Міністерства освіти і науки України.