Керівництво малою академією наук учнівської молоді здійснюється директором, яким може бути тільки громадянин України, що має вищу педагогічну освіту і стаж педагогічної роботи не менш як три роки, успішно пройшов підготовку та атестацію керівних кадрів у порядку, установленому Міністерством освіти і науки України.