Навчально-виховний процес у малій академії наук учнівської молоді здійснюється диференційовано (відповідно до віку, індивідуальних можливостей, інтересів, нахилів, здібностей, стану здоров'я) з використанням різних організаційних форм роботи: гурткова робота, клубна робота, урок, лекція, індивідуальні заняття, конференція, семінар, курси, читання, вікторина, змагання, зльоти, олімпіади, конкурси, огляди, виставки, оздоровчі збори, екскурсії, практична робота в лабораторіях, майстернях, а також з використанням інших форм, передбачених статутом закладу.
Мала академія наук учнівської молоді може залучати до участі в організаційно-масових заходах позашкільні, загальноосвітні, професійно-технічні, вищі навчальні заклади, інші заклади та організації.