Навчально-виховний процес у малій академії наук учнівської молоді здійснюється за типовими навчальними планами і програмами, що затверджуються Міністерством освіти і науки України. На основі типових навчальних планів і програм розробляються інші навчальні плани і програми, що затверджуються відповідними місцевими органами виконавчої влади.