Структура та штати малої академії наук учнівської молоді розробляються її керівником у межах затверджених видатків на оплату праці відповідно до встановлених нормативів і затверджуються органом управління освітою, у сфері управління якого перебуває заклад.
Структурними підрозділами малої академії наук учнівської молоді можуть бути відділи, кабінети, центри, лабораторії, постійно діючі та тимчасові виставки, оздоровчі та профільні табори, бібліотеки, спеціалізовані та творчі майстерні, гаражі та інші підрозділи, що передбачені статутом закладу.