Мала академія наук учнівської молоді проводить інформаційно-методичну роботу, спрямовану на вдосконалення програм, змісту, форм і методів діяльності гуртків, груп та інших творчих об'єднань, підвищення майстерності педагогічних працівників за напрямами роботи.
У малій академії наук учнівської молоді можуть функціонувати методичні об'єднання за напрямами діяльності гуртків, груп та інших творчих об'єднань, що охоплюють педагогічних працівників певного професійного спрямування.
З метою удосконалення системи навчання і виховання у малій академії наук учнівської молоді можуть створюватись методичні ради, комісії, до складу яких включаються педагогічні працівники цього закладу та інші учасники навчально-виховного процесу.